Nació en Portugalete (Vizcaya) y realizó estudios de Teología en Roma antes de optar por la Filosofía, que le llevó a las universidades de Tübingen (Alemania), Columbia (Nueva York , EEUU) y Oxford y Cambridge (Reino Unido). En los años sesenta sus artículos suscitaron un gran interés por su carácter lúcido y antiautoritario, tanto contra la dictadura franquista como, más tarde, al plantear una intensa crítica del régimen democrático. Es catedrático de Ética en la Universidad Autónoma de Madrid, ha publicado numerosos ensayos y su firma aparece con frecuencia en diversos medios de comunicación. Las controversias que mantuvo a finales de los ochenta en torno al independentismo y la violencia en Euskadi (uno de sus libros sobre tales temas fue Euskadi: pensar el conflicto, 1987) le proporcionaron celebridad como polemista. Entre sus obras destacan Lenguaje religioso y filosofía analítica (1977), Qué es un sistema de creencias (1978), Filosofía, Lógica y Religión (1979) y Lecciones de Filosofía de la Religión (1989), además de sus estudios dedicados a profundizar en el pensamiento de Ludwig Wittgenstein: Conocer a Wittgenstein (1980), Lenguaje, magia y metafísica: el otro Wittgenstein (1984) o La filosofía analítica actual: de Wittgenstein a Tugendhat (1989). Otros títulos han dado cuenta de sus preocupaciones sociales, aunque siempre remitiendo a una inquietud que se traduce en una mirada filosófica sobre lo cotidiano, como Saber vivir (1984), Las causas perdidas (1987), El amor contra la moral (1988), Saber morir (1991), La ventana y el mundo (colección de artículos) (1993), Dios y sus máscaras (1993), texto este último de carácter autobiográfico, El perdón (1995), Amor Diario (novela) (1997). El Diccionario de Ética (1997) y Hombres a la carta. Los dilemas de la Bioética (1998) muestran sus intereses filosóficos actuales. Sus últimos libros llevan los siguientes títulos Euskadi: nacionalismo e izquierda (1998) y El hombre espiritual (Ética, moral y religión ante el nuevo milenio) (1999). Acaba de aparecer La vida en nuestras manos (2000).

El filósofo Javier Sádaba Garay  defiende en su nuevo libro --La vida en nuestras manos-- que la ética y la ciencia no son enemigas, sino que pronto serán los instrumentos para crear una humanidad innovadora. Reflexionar sobre la vida, como demostró con su primer gran éxito, Saber vivir (1984), es lo que ha movido intelectualmente a Sádaba desde que ingresó en un seminario para hacerse jesuita. Después de 10 años con la Compañía de Jesús, se alejó de la práctica religiosa. A menudo recuerda con sarcasmo que de los jesuitas aprendió "dos cosas sumamente importantes": el escepticismo de no creer en nada y levantarse temprano para aprovechar el tiempo.
 
Doctor en Filosofía por Tubinga (Alemania) y catedrático de Ética y Filosofía de la Religión en la Universidad Autónoma de Madrid, Sádaba suele definirse como "socialista libertario". Ha intervenido en campañas contra la OTAN y contra la presencia militar de EEUU en Centroamérica, a favor de un referendo sobre Maastricht y en pro de la insumisión al servicio militar. En las elecciones vascas de 1994, dio su apoyo a HB. En agosto, a una pregunta sobre su ambigüedad ante el terrorismo etarra, respondió: "El ser humano es ambiguo por definición, pero, aparte de eso, siempre he mantenido que los políticos que apoyan a ETA deberían dimitir, y desafío a cualquiera que pueda mostrar un texto mío que diga lo contrario".